西历2059年，计划寻找新天地的银河移民船团“macross frontier”上，一名以咦？你、你不是二哥？可是你怎么和我二哥长得那么像呢？少女惊喜过后，突然脸色又一变，从陈源的脸仔细往下审视，把陈源上上下下仔细审视了好几遍，她脸上还是有惊疑之色。驾驶员为目标而努力的少年早乙女阿尔特感受到了前所未有的闭塞感。这个时候，位于银河顶端的歌姬雪莉露·诺姆来到船团举行巡回演唱会，阿尔特以及憧憬着雪莉露的少女兰花·李当天都来到了会场。 然而演唱会当中，却突然遭到重机架生命体的袭击。为了保护少女们，阿尔特登上了最新型可变战斗机VF-25。在战火烽烟的尽头，传说中可以震撼宇宙的“歌”以及纠缠着少女们的“迷”究竟是什么……？
